Diese Trennung zwischen Politik und Religion entwickelte sich erst im Laufe der Zeit.
Seit dem Mittelalter gab es in Europa eine starke Verbindung zwischen weltlichen Herrschern (z.B. Könige, Kaiser) und dem Christentum, vor allem der katholischen Kirche.
Bis zum 16. Jahrhundert war es die katholische Kirche, welche die Politik in Europa beeinflusste. Mit der Reformation verlor sie in einigen europäischen Ländern an Einfluss. An ihre Stelle traten die Staatskirchen des Protestantismus, zum Beispiel in Dänemark und Schweden. Kaiser, Könige und Fürsten gewannen an Macht, weil sie nach dem Augsburger Religionsfrieden auch die Religion der BewohnerInnen ihres Gebiets bestimmen durften.
Durch die Aufklärung ab dem 18. Jahrhundert wurde die Religion für viele Menschen weniger wichtig. Nicht mehr die Religion beeinflusste das Handeln der Menschen, sondern die Vernunft. Religion wurde immer mehr als „private“ Angelegenheit betrachtet. Es kam zu einer stärkeren Trennung zwischen Religion und Politik.
Diese Entwicklung führte zum heutigen Stand, dass der Staat in vielen Ländern eine neutrale Rolle gegenüber der Religion einnimmt. Die Trennung zwischen Staat und Religion geht jedoch unterschiedlich weit, bis hin zur vollkommenen Trennung (Laizität).
Im Gegensatz dazu gibt es aber auch Länder, wo Politik und Religion nicht voneinander getrennt sind und religiöse Führer zugleich auch über das politische Handeln des Staates entscheiden. Dann spricht man von einer Theokratie.
In Österreich werden Religionsgemeinschaften unter gewissen Voraussetzungen rechtlich anerkannt. Das bedeutet auch, dass sie das Recht haben, Religionsunterricht an öffentlichen Schulen abzuhalten. Derzeit gibt es an den meisten Schulen römisch-katholischen, evangelischen und/oder islamischen Religionsunterricht, aber auch jüdischen und buddhistischen Religionsunterricht. An einigen Schulen wird statt des Religionsunterrichts Ethikunterricht angeboten.
Die Bedingungen zwischen dem Staat und einer anerkannten Religionsgemeinschaft werden in Gesetzen festgehalten, z.B. im Protestantengesetz, im Israelitengesetz und im Islamgesetz.
Eine Ausnahme bildet die Katholische Kirche: Zwischen der Katholischen Kirche („Heiliger Stuhl“) und dem Staat gibt es einen völkerrechtlichen Vertrag, auch Konkordat genannt. Dort werden die jeweiligen Rechte und Pflichten geregelt.